自宗教改革時代到今日，新教仍然反對把舊約次經列為正典，但是舊約次經的地位是否能夠判別一個教派是異端的準則卻沒有一致意見。但是個別基督教派對這些在歷史上面曾經長時期被教會傳統沿用、相關的歷史事實卻非常迴避、甚至不許信徒接觸，主要因為他們把「次經」和「羅馬天主教」混為一談，也把宗教改革時代之前的教會歷史等同「羅馬天主教」歷史而否定之，於是把宗教改革時代之前的教會歷史割裂，甚至故意誤導一般信徒以為教會一開始就使用和今日一模一樣的聖經（美國的比較極端基要派更加認為KJV，King James Version比任何翻譯本更加正確，完全拒絕所有新近聖經文本的研究，發出例如耶穌的名字只可以叫 Jesus，不可以叫 Jesu、Yeshua、 Iesu、耶穌等等的怪論）。

　　當然越來越多學者開始接受初期教會和信徒群體都有閱讀使用次經，令次經問題少了情緒化的爭執。